Некоторые ИР получили графитовый замедлитель, при котором могут применяться разные теплоноситель и конструкция. Первые в истории реакторы, построенные в США, СССР и Великобритании, относились к уран-графитовым и представляли собой реакторные сборки или канальные РУ с охлаждением воздухом или водой. Они были предназначены в основном для специфических исследований: отработки процессов, необходимых при создании промышленных РУ для производства оружейных материалов. В дальнейшем разрабатывались более сложные реакторы с этим замедлителем, в том числе упоминавшиеся импульсные ИР ациклического режима: например, американский TREAT, советские БИГР (ВНИИЭФ в Сарове, Россия) и ИГР (Семипалатинский ядерный полигон, Казахстан). Подобные установки приспособлены для исследования материалов в экстремальных условиях.
Нередко в отдельную категорию выделяют тяжеловодные ИР, содержащие в качестве замедлителя (иногда —теплоносителя) оксид дейтерия. При этом по архитектуре они могут быть канальными, баковыми или корпусными. Первые тяжеловодные ИР были построены в 1944—1949 годах в США, Канаде и Советском Союзе. К ИР этого типа относятся, в частности, канадские NRX и NRU; советские ТВР и ТВР-С; внедренные в Индии канадский CIRUS и отечественные Dhruva и Zerlina; упомянутые немецкий MZFR, норвежский Halden и т. д. Преимущество тяжеловодных ИР — более «чистый» тепловой спектр нейтронов, что важно для некоторых направлений их применения. Среди И Р этого типа есть выдающиеся по характеристикам установки: как было показано выше, французский HFR в Гренобле — один из самых высокопоточных в мире реакторов, а немецкий FRM-II — один из наиболее технически эффективных.
В первые десятилетия атомной эры развитые страны активно экспортировали тяжеловодные реакторы: например, Канада построила их в Индии и Пакистане, Франция — в Израиле, Советский Союз — в Китае и Югославии. Однако эта практика прекратилась после того, как некоторые импортеры подобных установок превратились в «неофициальные» ядерные державы. Тяжеловодные ИР дают особенно широкие возможности для нецелевого использования. Большой интерес к исследовательским технологиям «тяжелого спектра» проявлял Иран, пытавшийся самостоятельно построить подобный реактор в Араке; но международным соглашением 2015 года об ограничении ядерной программы Тегерана эта стройка была остановлена, основное оборудование демонтировано и на проект наложены серьезные ограничения.
К особой, исторически довольно многочисленной и пестрой категории можно отнести ИР на быстрых нейтронах. Среди таких реакторов значимой мощности превалировали конструкции с натриевым теплоносителем и плутониевым топливом, но были и другие варианты. Хотя в прошлом почти все страны — поставщики ядерных технологий создавали быстрые исследовательские и опытные реакторы (США, Россия, Великобритания, Франция, Германия, Япония, Италия, Индия), сегодня работоспособные (но не всегда регулярно действующие) ИР такого рода имеются, если не считать мелких критсборок, только в России (БОР‑60), Китае (CEFR), Индии (FBTR) и Японии (JOYO, FCA). В этих и других государствах преобладают ИР на тепловых нейтронах. Иногда встречаются ИР с промежуточным спектром нейтронов, например, российский СМ‑3.
По общей конструкции большинство ИР относятся к бассейновому, баковому, корпусному, канальному типам либо представляют собой их комбинации. Вне исследовательской сферы получили распространение почти исключительно корпусные и канальные реакторы.
У бассейновых ИР активная зона погружена в большую открытую емкость с водой, служащую одновременно замедлителем, биологической защитой и теплоносителем, объем которого сильно избыточен для этой мощности, что обуславливает большую тепловую инерцию и способствует безопасности. Другая отличительная черта этого устройства — низкие параметры теплоносителя и замедлителя: сопоставимое с атмосферным давление и температура менее 100 °C. Такие особенности обеспечивают легкий и оперативный доступ к реактору, что удобно для исследовательских целей. К подобным конструкциям относятся французский OSIRIS, австралийский OPAL, российские РБТ‑6 и РБТ‑10/2 (в НИИАРе), ИР‑8 (в НИЦ «Курчатовский институт»), ИВВ‑2М (на площадке ИРМ в Заречном), семейства канадских реакторов SLOWPOKE, внедренных в Канаде и на Ямайке, а также типовых советских ИРТ, построенных в России (Курчатовский институт, МИФИ, Томский политехнический университет), Белоруссии, Латвии, Грузии, Болгарии, Ливии, Северной Корее.
Другой, похожий тип конструкции — баковые ИР: их активная зона размещается в закрытой емкости с теплоносителем. Биологической защитой могут служить твердые материалы, окружающие бак, например бетон; отражателями бывают металлический бериллий, графит и т. д. Параметры теплоносителя и замедлителя, как правило, несколько выше, а циркуляция интенсивнее, чем в бассейновом реакторе; однако эти параметры все равно далеки от показателей энергетических реакторов, поэтому баки рассчитаны на меньшее давление (нередко делаются из легких сплавов, а не из стали). Примеры таких конструкций: российский ОР (построен в НИЦ «Курчатовский институт»), исследовательские легководные реакторы семейства ВВР (строились в России, Узбекистане, Казахстане, Польше, Египте, Венгрии, Болгарии, Румынии и т. д.), а также чешский LVR‑15 (бывший советский ВВР-С, переделанный при продлении эксплуатации).
Нередко встречаются и гибридные конструкции типа «бак в бассейне» или «каналы в бассейне» — по существу, разновидности бассейнового реактора, в которых активная зона закрыта и иначе организована циркуляция теплоносителя. К первому варианту относятся, например, HFR в Нидерландах, Safari‑1 в ЮАР, канадские Maple и их усовершенствованный и более мощный южнокорейский вариант HANARO. Примеры бассейновых канальных — российские реакторы МИР-М1 (на площадке НИИАРа) и МР (работавший до 1993 года в Курчатовском институте); польский Maria. Все названные установки имеют мощность от ~10 до ~100 МВт и занимают заметное место в глобальном секторе ИР.
Существует немало корпусных исследовательских реакторов, активная зона которых помещается под повышенное давление, иногда сравнимое с этим параметром некоторых РУ неисследовательского назначения. В числе таких установок, например, российские СМ‑3 (на площадке НИИАРа) и ПИК (Гатчина), реактор ИВГ‑1М в Казахстане, Halden в Норвегии и др.
Многие перечисленные особенности исследовательских реакторов применяются в различных комбинациях, что умножает число вариантов конструкции. Так, строились исследовательские водо-водяные баковые (российское семейство ВВР) и водо-водяные корпусные (советские СМ‑3, «Гамма») реакторы; реакторы с естественной водой в качестве теплоносителя и замедлителя (российские ОР), с тяжелой водой в обоих качествах (индийские Dhruva, французский HFR); канальные графитовые (первые американские, британские и советские ИР), канальные бассейновые (российский МР), баковые бассейновые (HFR в Нидерландах); импульсные гомогенные (реакторы типа ИИН в России и Узбекистане, российский «Гидра»), импульсные гетерогенные (российские типа ИБР, ИГР, БИГР, критсборка «Маяк»); баковые с легководным замедлителем (семейство ВВР), баковые с тяжеловодным замедлителем (JEEP‑2 в Норвегии, советский ТВР); импульсные быстрые (ИБР‑2М), импульсные на тепловых нейтронах (TREAT в США) и т. д.
Конструкции И Р, как правило, более индивидуальны, менее унифицированы, чем у энергетических и флотских установок (последние, как минимум, в точности дублируются на целом ряде кораблей и подводных лодок). Однако и в исследовательской сфере имеются «серийные», растиражированные варианты, повторяющие друг друга во многих основных чертах. К таким семействам относятся американские TRIGA нескольких серий, советские ИРТ и ВВР, канадские Maple и SLOWPOKE. Благодаря такому тиражированию, в мире среди ИР значимой производительности преобладают разновидности бассейновых и баковых на тепловых нейтронах с естественной водой в качестве замедлителя и теплоносителя.
В отличие от энергетических, в исследовательских реакторах широко используется как принудительная, так и естественная циркуляция теплоносителя. В действующих энергетических реакторах естественная циркуляция теплоносителя на номинальной мощности не применяется. В ИР, имеющих незначительную мощность, теплоноситель вообще не предусматривается — например, в критических сборках, называемых иногда ИР нулевой мощности. Некоторые ранние графитовые ИР также не имели теплоносителя и охлаждались воздухом снаружи (например, первый реактор в Евразии — советский Ф‑1 в Москве), либо воздух пропускался через специальные каналы в реакторе (первые британские реакторы).
Обычно И Р не содержат ряда элементов, характерных для АЭС или флотских силовых установок. В частности, ИР обычно не подключены к турбинам и не имеют внешних защитных гермооболочек или герметичных контейнментов, рассчитанных на удержание высокого давления и радиоактивности. Это возможно благодаря невысокой мощности большинства исследовательских установок, низким параметрам теплоносителя у многих из них, а также большой тепловой инерции и практическому отсутствию риска выхода цепной реакции из-под контроля. Для маленьких исследовательских ядерных установок (таких как критические сборки) требования к барьерам безопасности еще ниже, поскольку их мощность, температурные параметры, объемы топлива несущественны.
Есть и еще одна причина, по которой даже ИР с ощутимой тепловой мощностью в десятки мегаватт не принято (за редкими исключениями — в основном опытных реакторов) использовать для поставки энергии за пределы площадки: по сравнению с АЭС, режим работы исследовательских установок чрезвычайно неустойчив и связан с реализуемыми на них исследовательскими и производственными программами. Из-за этого многие ИР останавливаются чаще, чем раз в месяц; их мощность используется в гораздо меньшей степени, чем большинства энергоблоков АЭС — за редкими исключениями, к которым относились закрытый в 2018 году канадский NRU (чей КИУМ достигал 75−80%) и некоторые материаловедческие реакторы (см. ниже). Поэтому ряд ИР содержат три контура, так что «лишнее» тепло через посредство теплообменников отдается в конечном итоге окружающей среде.